Neben seiner hauptberuflichen Tätigkeit ist er Vorsitzender des Kulturbeirates für die Stadt Passau, leitet er das Orchester des Passauer Konzertvereins, das von ihm gegründete Originalklangensemble „Consortium musicum Passau“ und ist Kirchenmusiker der Passauer Stadtpfarrkirche St. Severin Heining. Er forscht und publiziert schwerpunktmäßig zur süddeutschen Musik- und Kulturgeschichte des 17. bis 19. Jahrhunderts, für das Domschatz- und Diözesanmuseum Passau hat er bereits zwei Ausstellungen kuratiert. Mehrere CD-Einspielungen und Noteneditionen runden seine Aktivitäten ab.
2013 wurde Markus Eberhardt von Oberbürgermeister Jürgen Dupper mit der Ehrennadel der Stadt Passau für Verdienste im Ehrenamt (kulturelle Verdienste) ausgezeichnet.