Markus Eberhardt studierte nach dem Abitur am Auersperg-Gymnasium Passau-Freudenhain Germanistik, Geschichte, katholische Kirchenmusik (Hauptfächer Orgel und Chorleitung) sowie historische Aufführungspraxis (Hauptfach Cembalo) in Passau, Würzburg und Regensburg. Sein maßgeblicher Lehrer war der Gustav-Leonhardt-Schüler Karl Friedrich Wagner. Daneben absolvierte er mehrere Meisterkurse, unter anderem bei Lorenzo Ghielmi, Michael Radulescu und Christine Schornsheim. 2014 wurde er mit einer Arbeit über das Passauer Bürgertum in der Zeit des deutschen Kaiserreiches (1871 bis 1914) promoviert. Seit 2020 leitet er die Gisela-Schulen Passau-Niedernburg, ein Gymnasium und eine Realschule unter der Trägerschaft des Bistums Passau.

Neben seiner hauptberuflichen Tätigkeit ist er Vorsitzender des Kulturbeirates für die Stadt Passau, leitet er das Orchester des Passauer Konzertvereins, das von ihm gegründete Originalklangensemble „Consortium musicum Passau“ und ist Kirchenmusiker der Passauer Stadtpfarrkirche St. Severin Heining. Er forscht und publiziert schwerpunktmäßig zur süddeutschen Musik- und Kulturgeschichte des 17. bis 19. Jahrhunderts, für das Domschatz- und Diözesanmuseum Passau hat er bereits zwei Ausstellungen kuratiert. Mehrere CD-Einspielungen und Noteneditionen runden seine Aktivitäten ab.

2013 wurde Markus Eberhardt von Oberbürgermeister Jürgen Dupper mit der Ehrennadel der Stadt Passau für Verdienste im Ehrenamt (kulturelle Verdienste) ausgezeichnet.